เนื้อเรื่อง มีอยู่ว่า
ภาคที่ 1เมื่อสิบสองปีก่อน ปีศาจจิ้งจอกเก้าหาง ได้บุกเข้าโจมตีหมู่บ้าน โคโนฮะ ทำให้ (โฮคาเงะ รุ่นที่ 4) ซึ่งเป็นหัวหน้าหมู่บ้าน ต้องยอมพลีชีพเพื่อสะกดวิญญาณของปีศาจจิ้งจอกเก้าหาง ผนึกไว้ในร่างของทารกคนหนึ่ง นามว่า อุซึมากิ นารูโตะ
สิบสองปีถัดมา นารูโตะ ซึ่งเป็นกำพร้าและไม่มีพี่น้อง เติบโตขึ้นโดยไม่รู้ว่าตนเองมีจิ้งจอกเก้าหางอยู่ภายในร่างกาย หลังจากสำเร็จการศึกษาเป็นนินจาชั้น เกะนิน (นินจาระดับล่าง) และปฏิบัติหน้าที่ภายใต้การควบคุมของ ฮาตาเกะ คาคาชิ ซึ่งเป็น โจนิน (นินจาระดับสูง) ฉายา ก๊อบปี้นินจา โดยมีสมาชิกร่วมทีมอีกสองคน คือ อุจิวะ ซาสึเกะ และ ฮารุโนะ ซากุระ
ทีมนินจาของคาคาชิได้รับภารกิจให้ความคุ้มครองทะสุนะ นักสร้างสะพานแห่งแคว้นนามิโนะคุนิจากซาบุซะจนสำเร็จ ซึ่งเป็นภารกิจที่ยากกว่าความสามารถของเกะนินปกติจะทำได้ ทำให้คาคาชิมีความมั่นใจในความสามารถของทั้งสามคน จึงได้ส่งรายชื่อของพวกเขาเข้าร่วมการสอบเลื่อนระดับเป็น จูนิน (นินจาระดับกลาง) โดยการสอบรอบแรกเป็นการทดสอบการลอบสืบข้อมูล ซึ่งนารูโตะได้แสดงวิถีนินจาของตัวเองออกมา
ในระหว่างการสอบรอบที่สอง ซึ่งทำการสอบกันในป่ามรณะ โอโรจิมารุ แห่งหมู่บ้าน โอโตะ ก็ได้ลอบเข้ามาทำร้ายซาสึเกะ แต่ก็ถูกนารูโตะ ซากุระ และเกะนินอื่นที่เข้าร่วมการสอบขัดขวางไว้ได้ อย่างไรก็ตาม โอโรจิมารุได้ผนึกอักขระต้องสาปไว้กับซาสึเกะ ซึ่งช่วยให้เขามีพลังในการต่อสู้เพิ่มขึ้น เมื่อถูกอักขระเข้าครอบงำ หลังจากต้องผจญกับอุปสรรคต่างๆ ทีมของนารูโตะก็สามารถผ่านการสอบรอบที่สองมาได้ แต่การสอบรอบที่สาม เป็นการประลองฝีมือตัวต่อตัวแบบแพ้คัดออก ระหว่างเกะนินที่เข้าสอบด้วยกัน ในการต่อสู้รอบแรกนารูโตะสามารถเอาชนะคิบะมาได้ ส่วนการประลองในรอบที่สองซึ่งจะเริ่มในอีก 1 เดือน นารูโตะจะต้องต่อสู้กับเนจิ
ก่อนการประลองรอบที่สองจะเริ่มขึ้น ซาสึเกะได้รับการถ่ายทอดวิชาพันปักษาจากคาคาชิ ในขณะที่นารูโตะได้พบกับ จิไรยะ (หนึ่งในสามนินจาในตำนาน) ซึ่งได้ทำการปลดผนึกจักระที่โอโรจิมารุทำไว้กับนารูโตะ (เป็นผนึกที่ทำซ้อนทับผนึกของโฮคาเงะ รุ่นที่ 4 อีกชั้นหนึ่ง) ทำให้นารูโตะสามารถควบคุมจักระได้ดีขึ้น นอกจากนี้ยังสอนวิชาอัญเชิญสัตว์ให้มาช่วยทำการต่อสู้แก่นารูโตะด้วย
ในวันเริ่มต้นการประลองรอบที่สอง นารูโตะสามารถเอาชนะเนจิได้ แต่ระหว่างการประลองในคู่ของซาสึเกะ โอโรจิมารุได้นำนินจาของหมู่บ้านโอโตะเข้าโจมตีหมู่บ้านโคโนฮะ โดยมีนินจาจากหมู่บ้าน ซึนะ ได้แก่ กาอาระ เทมาริ และ คันคุโร่ เข้าร่วมการโจมตีด้วย โอโรจิมารุสามารถสังหาร ซารุโทบิ โฮคาเงะรุ่นที่ 3 ซึ่งเป็นหัวหน้าหมู่บ้านโคโนฮะในขณะนั้นได้ แต่ตนเองก็ได้รับบาดเจ็บสาหัส และการโจมตีหมู่บ้านประสบความล้มเหลว
ภายหลังการต่อสู้ หมู่บ้านโคโนฮะต้องทำการสรรหาโฮคาเงะคนใหม่ จิไรยะ ซึ่งเป็นหนึ่งในศิษย์เอกของโฮคาเงะ รุ่นที่ 3 ให้ความเห็นว่า บุคคลผู้นั้นควรเป็น ซึนาเดะ (หนึ่งในสามนินจาในตำนาน) และอาสาจะไปตามตัวเธอมา โดยพานารูโตะเดินทางไปกับเขาเพื่อฝึกวิชาพร้อมกันไปด้วย ในขณะเดียวกันที่หมู่บ้านซึนะก็พบว่า หัวหน้าหมู่บ้านของตน (คาเซะคาเงะ รุ่นที่ 4) ได้ถูกโอโรจิมารุลอบสังหารแล้วปลอมตัวมาสั่งการให้ร่วมกับหมู่บ้านโอโตะโจมตีหมู่บ้านโคโนฮะ
ในช่วงที่นารูโตะและจิไรยะเดินทางออกจากหมู่บ้านเพื่อตามหาซึนาเดะ อุจิวะ อิทาจิ พี่ชายของซาสึเกะ ซึ่งขณะนี้สังกัดอยู่ในกลุ่มแสงอุษา ก็เดินทางมายังหมู่บ้านโคโนฮะ เพื่อตามหาตัวนารูโตะ ซึ่งเป็นร่างสถิตของจิ้งจอกเก้าหาง หลังจากปะทะกับ คาคาซิ อาซึมะ และ ไก แล้วจึงรู้ว่านารูโตะไม่อยู่ที่หมู่บ้าน อิทาจิก็ออกเดินทางตามไปทันที ฝ่ายซาสึเกะเมื่อได้ทราบข่าวของอิทาจิ ก็ได้ออกเดินทางติดตามไป เพราะต้องการล้างแค้นที่อิทาจิสังหารบิดามารดา และสมาชิกในตระกูลอุจิวะจนหมด
นารูโตะและซาสึเกะได้มีโอกาสต่อสู้กับอิทาจิ แต่ก็พ่ายแพ้อย่างง่ายดาย โชคดีที่จิไรยะเข้ามาขัดขวางไว้ อิทาจิจึงลงมือไม่สำเร็จ จิไรยะได้ส่งซาสึเกะที่ได้รับบาดเจ็บกลับหมู่บ้าน จากนั้นได้สอนวิชากระสุนวงจักรให้กับนารูโตะ เพราะตระหนักถึงอันตรายจากกลุ่มแสงอุษาที่ต้องการสัตว์หาง
ต่อมานารูโตะและจิไรยะตามหาตัวซึนาเดะจนพบ ทีแรกเธอปฏิเสธที่จะเดินทางกลับไปยังหมู่บ้านเพื่อรับตำแหน่งโฮคาเงะ ในขณะนั้นเองโอโรจิมารุก็มาหาซึนาเดะเช่นกัน เพื่อให้ช่วยรักษาอาการบาดเจ็บที่ได้รับจากการต่อสู้กับโฮคาเงะรุ่นที่ 3 แลกกับการคืนชีพคนรักและน้องชายของซึนาเดะให้ แต่ซึนาเดะปฏิเสธ จิไรยะและนารูโตะเข้าต่อสู้กับโอโรจิมารุและ คาบูโตะ จนล่าถอยกลับไป ด้วยความมุ่งมั่นของนารูโตะที่พยายามฝึกวิชากระสุนวงจักรจนสำเร็จขณะต่อสู้กับคาบูโตะ ตามที่ให้สัญญาไว้กับซึนาเดะ และการยึดมั่นในวิถีนินจาของตัวเองของนารูโตะ จนทำให้เธอยอมรับตำแหน่งโฮคาเงะ
หลังจากซึนาเดะกลับมารับตำแหน่งโฮคาเงะแล้ว ซาสึเกะรู้สึกไม่พอใจที่ฝีมือตนยังห่างชั้นจากอิทาจิอยู่มาก โอโรจิมารุจึงได้ใช้โอกาสนี้ยื่นข้อเสนอที่จะทำให้เขาแข็งแกร่งขึ้น หากเปลี่ยนมาเข้าสังกัดกับหมู่บ้านโอโตะ ซึ่งซาสึเกะก็ตกลง และยินยอมให้นินจาคนสนิทของโอโรจิมารุ ซึ่งมีอักขระต้องสาปทุกคนพาตัวไป โดยมีนารูโตะและนินจาของหมู่บ้านโคโนฮะติดตามไปยับยั้ง ทั้งยังมีนินจาของซึนะตามมาช่วยเหลือด้วย ท้ายสุดนารูโตะเข้าต่อสู้กับซาสึเกะที่หุบผาสิ้นสุด นารูโตะใช้พลังของจิ้งจอกเก้าหางออกมาจนมีหางงอกออกมา 1 หาง ส่วนซาสึเกะสามารถเบิกเนตรวงแหวนได้สมบูรณ์และใช้อักขระต้องสาปแปลงร่าง การปะทะกันของวิชากระสุนวงจักรและพันปักษานั้นรุนแรงมาก แต่แล้วนารูโตะก็ไม่สามารถยับยั้งซาสึเกะไว้ได้ ซึ่งเลือกที่จะเป็นนินจาถอนตัวและเดินทางไปหาโอโรจิมารุด้วยตัวเอง
โอโรจิมารุซึ่งต้องการร่างของซาสึเกะไปใช้เป็นร่างใหม่ของตนที่บาดเจ็บอยู่ ทนรอร่างของซาสึเกะไม่ไหว และได้ย้ายวิญญาณสู่ร่างใหม่ก่อนที่ซาสึเกะจะเดินทางไปถึง ทำให้หากจะย้ายวิญญาณสู่ร่างของซาสึเกะก็ต้องรอเวลาอย่างน้อยอีก 3 ปี ซึ่งข่าวนี้จิไรยะก็ไปสืบหามาได้ ทำให้ทุกคนเบาใจและยอมละการติดตามซาสึเกะไว้ชั่วคราว ซากุระตัดสินใจที่จะเรียนวิชานินจาแพทย์จากซึนาเดะ ส่วนนารูโตะตัดสินใจติดตามจิไรยะเพื่อฝึกวิชา