ภาคที่ 2
หลังจากออกเดินทางเพื่อฝึกวิชาสองปีครึ่ง นารูโตะและจิไรยะได้กลับมายังหมู่บ้านโคโนฮะ ในช่วงเวลาเดียวกันนั้น กลุ่มแสงอุษาได้ส่งซาโซริและเดฮิดาระเข้าไปชิงตัวกาอาระ แห่งหมู่บ้านซึนะ ซึ่งเป็นร่างสถิตของปีศาจหางเดียวไปได้ เมื่อหมู่บ้านโคโนฮะทราบข่าวจึงได้ส่ง คาคาซิ นารูโตะ ซากุระ และทีมนินจาของไก ตามไปช่วยเหลือในการชิงเอาตัวกาอาระคืน ถึงแม้ว่าจะสามารถสังหารซาโซริและชิงเอาตัวกาอาระคืนมาได้ แต่กาอาระก็สูญเสียปีศาจหางเดียวที่สถิตในร่างตนไป
ก่อนที่ซาโซริจะตาย เปิดเผยว่าได้นัดพบกับสายลับที่แฝงตัวอยู่กับฝ่ายโอโรจิมารุ ทางหมู่บ้านโคโนฮะจึงวางแผนที่จะส่งนินจาปลอมตัวเป็นซาโซริไปพบกับสายลับดังกล่าว เพื่อหาทางสืบข่าวไปถึงตัวซาสึเกะ ภารกิจครั้งนี้ได้มอบหมายให้แก่กลุ่มของคาคาชิ แต่เนื่องจากคาคาชิบาดเจ็บจากภารกิจชิงตัวกาอาระ จึงให้ ยามาโตะ เข้ามาเป็นผู้ควบคุมกลุ่มแทน นอกจากนี้ก็ให้ซาอิ นินจาจากกลุ่มราก เข้ามาเสริมเพื่อให้กลุ่มมีสมาชิกครบทีมสี่คน
เมื่อได้ทีมใหม่ ทีมคาคาชิก็เริ่มทำภารกิจใหม่ทันที คือการไปพบสปายของแสงอุษา ทีมเวิร์คระหว่างนารูโตะกับซาอินั้นเลวร้ายมาก นอกจากนั้นซาอิยังคอยพูดจาดูถูกความสามารถของนารูโตะ และยังลามไปถึงเรื่องที่ซาสึเกะทรยศหมู่บ้าน ซึ่งเรื่องหลังนี้ทำให้นารูโตะกับซากุระทนไม่ได้อยู่หลายครั้ง ซาอิไม่เข้าใจว่าทำไมนารูโตะถึงอยากช่วยซาสึเกะนัก ทั้งๆที่ซาสึเกะพยายามจะฆ่านารูโตะด้วยซ้ำ ซากุระจึงย้อนถามว่าซาอิก็เคยสูญเสียพี่ชาย น่าจะเข้าใจความรู้สึกของนารูโตะบ้าง แต่ซาอิกลับบอกว่าเขาไม่เคยรู้สึกอะไรเลย
ยามาโตะปลอมตัวเป็นซาโซริไปพบสปายแสงอุษา ซึ่งก็คือคาบูโตะลูกน้องโอโรจิมารุนั้นเอง ในขณะที่จะสอบถามข้อมูล โอโรจิมารุก็ปรากฏตัวออกมาพร้อมกับที่คาบูโตะโจมตีเข้าใส่ยามาโตะ และเฉลยให้ฟังว่า คาถาที่ซาโซริใช้สะกดคาบูโตะถูกคลายไปก่อนหน้านี้
ในการต่อสู้กับทีมคาคาชิ โอโรจิมารุยั่วยุนารูโตะจนปลดปล่อยพลังของจิ้งจอก 9 หาง โดยมีหางงอกออกมาถึง 4 หาง จนสูญเสียการควบคุมตนเอง และสู้กันจนโอโรจิมารุหนีไปพร้อมกับซาอิซึ่งทรยศไปอยู่กับพวกโอโรจิมารุ ยามาโตะได้ใช้คาถาเฉพาะของโฮคาเงะรุ่นที่ 1 สะกดนารูโตะเอาไว้ได้ ซากุระก็ใช้พลังรักษานารูโตะซึ่งบาดเจ็บสาหัสจากการปลดปล่อยพลังจิ้งจอกเก้าหาง เมื่อนารูโตะฟื้นขึ้นมาจึงได้ติดตามพวกโอโรจิมารุไปและสามารถลอบเข้าไปในฐานลับของโอโรจิมารุ และสามารถจับซาอิมัดไว้เพื่อซักถามความจริงแต่ซาอิไม่ยอมบอก แต่กลับถามว่าทำไมนารูโตะถึงทุ่มเทเพื่อช่วยซาสึเกะขนาดนี้ และเมื่อได้ฟังสิ่งที่นารูโตะพูด ซาอิจึงนึกถึงความสัมพันธ์ระหว่างตัวเองกับพี่ชายขึ้นมา
ขณะนารูโตะต่อสู้กับคาบูโตะ ซาอิเปลี่ยนใจกลับมาช่วยนารูโตะ จัดการมัดคาบูโตะไว้แล้วช่วยนารูโตะตามหาซาสึเกะ แต่เมื่อพบกับซาสึเกะ พวกนารูโตะก็ต้องผิดหวังเพราะนอกจากซาสึเกะจะยืนยันไม่กลับไปโคโนฮะแล้วยังโจมตีพวกนารูโตะอีกด้วย การโจมตีของซาสึเกะนั้นแม้แต่ยามาโตะยังสู้ไม่ได้ สุดท้ายโอโรจิมารุได้มาหยุดซาสึเกะไว้ โดยคาบูโตะให้เหตุผลว่าควรเก็บพวกนารูโตะไว้เพื่อใช้จัดการกลุ่มแสงอุษา หลังจากนั้นโอโรจิมารุก็ถูกซาสึเกะดูดกลืนเข้ามาในตัวและออกรวบรวมคนมาเป็นหน่วยย่อยของตนเอง
นารูโตะ ซากุระ ซาอิ และยามาโตะกลับมาที่หมู่บ้านอีกครั้งและยืนยันกับโฮคาเงะรุ่นที่ 5 ว่าจะไม่ละความพยายามในการตามตัวซาสึเกะกลับมา คาคาชิที่อาการดีขึ้นจากการบาดเจ็บ บอกกับนารูโตะว่ามีวิธีหนึ่งที่จะทำให้นารูโตะสามารถเก่งกาจได้เท่าๆกับซาสึเกะ นารูโตะจึงได้เริ่มฝึกวิชากับคาคาชิและยามาโตะ โดยสิ่งแรกให้นารูโตะลองทดสอบธาตุจักระของตัวเอง ซึ่งผลออกมาคือนารูโตะมีจักระธาตุลม คาคาชิจึงเริ่มให้นารูโตะฝึกแปลงคุณสมบัติจักระ โดยให้ใช้จักระตัดใบไม้ให้ขาด จนไปถึงใช้จักระแยกน้ำตก ในการฝึกนี้คาคาชิได้ให้นารูโตะใช้คาถาแยกเงาพันร่างเพื่อทำให้การฝึกวิชาเร็วขึ้น
เมื่อนารูโตะสามารถแปลงจักระเป็นจักระธาตุลมได้แล้ว คาคาซิจึงได้บอกถึงสุดยอดวิชาที่อาจารย์ของตน โฮคาเงะรุ่นที่ 4 คิดค้นขึ้นมาคือ กระสุนวงจักระ ซึ่งเป็นการแปลงลักษณะของจักระจนอยู่ในรูปแบบที่มีพลังโจมตีสูงสุด ซึ่งทั้งจิไรยะที่เป็นอาจารย์ของโฮคาเงะรุ่นที่ 4 และคาคาชิเองก็สามารถใช้กระสุนวงจักรได้ แต่พอมาถึงขั้นต่อไปคือการใช้ การแปลงคุณสมบัติจักระพร้อมกับการสร้างกระสุนวงจักร จนมาถึงบัดนี้ก็ยังไม่มีใครทำได้เลย แต่คาคาซิเชื่อมั่นว่า มีอยู่คนหนึ่งที่สามารถทำได้สำเร็จ ซึ่งคือ นารูโตะ นั่นเอง
ระหว่างที่นารูโตะฝึกวิชาอยู่นั้นเองกลุ่มแสงอุษา 2 คน ชื่อคาคุซึและฮิดัน ซึ่งจับสัตว์หางมาแล้ว 2 ตัว มาบุกโคโนฮะและฆ่าอาซึม่าตาย ทำให้ชิกามารุโกรธแค้นมาก ทีม 10 ของชิกามารุจึงได้กลับไปต่อสู้กับทั้ง 2 คนอีกครั้งโดยมีคาคาชิร่วมด้วย และแล้วชิกามารุก็สามารถจัดการฮิดันได้ แต่คาคุซึคนเดียวก็สามารถต่อสู้กับคาคาชิ โจจิและอิโนะได้ จนทีมของนารูโตะตามมาช่วยทันเวลา นารูโตะใช้คาถาใหม่ วังวนวาตะ เข้าสกัดการโจมตีของคาคุซึไว้ได้ และใช้วิชาใหม่ "กระสุนวงจักรดาวกระจายวายุ" ซึ่งยามาโตะบอกว่าสำเร็จไปเพียง 50% จัดการกับคาคุซึ อย่างไรก็ตาม แม้จะเป็นพลังเพียงครึ่งเดียว วิชานี้ก็สามารถโค่นคาคุซึลงได้ แต่ซึนาเดะบอกให้นารูโตะหลีกเลี่ยงการใช้วิชานี้อีกเพราะเป็นอันตรายต่อตัวเองด้วย
เมื่อจัดการกับคาคุซึลงได้ โคโนฮะจึงได้จัดตั้งกลุ่มย่อยขึ้น นำทีมโดยคาคาชิ เพื่อไปตามหาซาสึเกะ กลุ่มย่อยที่ปฏิบัติภารกิจนี้ได้แก่ นารูโตะ คาคาชิ ซากุระ ยามาโตะ ซาอิ คิบะ ชิโนะ และ ฮินาตะ ในขณะที่กำลังติดตามซาสึเกะอยู่นั้น อิทาจิได้มาพบกับนารูโตะในช่วงสั้นๆ และได้มอบพลังบางอย่างของตนให้นารูโตะไว้