ระดับชั้นนินจา นินจาคาถาโอ้โฮเฮะนินจาฝึกหัดในระหว่างช่วงแรกที่เรียนอยู่ในโรงเรียน ยังไม่นับว่าเป็นนินจา จนกระทั่งเรียนจบ โดยในช่วงที่เรียนอยู่จำเป็นต้องฝึกฝนการใช้อาวุธพื้นฐาน ได้แก่ คุไน และ ชูริเคน รวมไปถึงเรียนวิชานินจาพื้นฐาน คาถาแยกร่าง คาถาแปลงกาย และการฝึก จักระ โดยเมื่อเรียนจบจะได้ผ้าคาดหัว (ซึ่งอาจจะใช้ในลักษณะอื่น นอกจากคาดหัว) โดยมีแผ่นเหล็กตรงกลางพร้อมทั้งสัญลักษณ์ของหมู่บ้านนั้น (ซึ่งนารูโตะผ่านช่วงนี้มาได้อย่างยากลำบาก)
เกะนินเกะนิน (下忍, นินจาล่าง)
เกะนินเป็นระดับต่ำสุดของนินจา โดยจะถูกส่งไปปฏิบัติการในระดับ D ซึ่งเป็นหน้าที่ที่ต่ำที่สุด ส่วนมากได้แก่เป็นแรงงาน หรืองานที่ไม่มีความเสี่ยง หรืองานในระดับ C ที่ทำงานของนินจาแต่ยังเป็นงานที่ไม่มีความเสี่ยง
ในระดับเกะนิน ความแตกต่างของความสามารถของแต่ละคนสูง
โจนินโจนิน (上忍) เป็นนินจาระดับสูงที่ผ่านประสบการณ์มามาก ปกติจะได้รับภารกิจในระดับ A กับ S เช่น ฮาตะเกะ คาคาชิ
จูนินจูนิน (中忍; นินจากลาง)
จูนินเป็นนินจาที่ผ่านการสอบโดยสามารถทำหน้าที่เป็นอาจารย์นินจาคนอื่น เช่น อุมิโนะ อิรุกะ หรือเป็นกองกำลังของหมู่บ้าน ปฏิบัติการในระดับ C และ B
การสอบจูนิน มี 3 ขั้นตอนคือ ขั้นแรกสอบข้อเขียนวัดระดับความรู้ ขั้นที่สองสอบความสามารถในการปฏิบัติหน้าที่ และขั้นที่สามคือการต่อสู้ตัวต่อตัวระหว่างผู้ที่ผ่านการสอบรอบสอง ในอดีตการสอบจูนินมีการสอบแยกกันไปตามแต่ละหมู่บ้าน หลังจากเกิดสงครามนินจา ทุกหมู่บ้านตัดสินใจจัดการสอบร่วมกันโดยเลือกหมู่บ้านขึ้นมาหมู่บ้านหนึ่ง เพื่อเป็นการพัฒนาความสัมพันธ์ระหว่างหมู่บ้าน ขณะเดียวกันเพื่อป้องกันสงครามระหว่างหมู่บ้านอีกทางหนึ่ง ภายหลังจากที่มีจำนวนนินจามากขึ้น ได้มีการจัดการสอบ ปีละ 2 ครั้ง
คาเงะ คาเงะทั้ง 5 ของหมู่บ้านนินจาคาเงะ (影, "เงา") ผู้ที่เก่งที่สุดทั้ง 5 ของนินจาในแต่ละหมู่บ้าน และเป็นผู้ปกครองหมู่บ้าน โดยแบ่งแยกตามหมู่บ้าน
โฮคาเงะ (火影, เงาไฟ) ของหมู่บ้านโคโนฮะ
มิซึคาเงะ (水影, เงาน้ำ) ของหมู่บ้านคิริ
ซึจิคาเงะ (土影, เงาดิน) ของหมู่บ้านอิวะ
ไรคาเงะ (雷影, เงาสายฟ้า) ของหมู่บ้านคุโมะ
คาเซะคาเงะ (風影, เงาลม) ของหมู่บ้านซึนะ
นินจาถอนตัว (抜け忍, นุเกะนิน) เป็นนินจาที่หายออกไปจากหมู่บ้าน โดยปกติจะเป็นพวกที่ทรยศและจะถูกล่า โดยนินจาล่าสังหาร เช่น โมโมจิ ซาบุซะ
นินจาล่าสังหารนินจาล่าสังหาร (追い忍, โอะอินิน) เป็นกลุ่มนินจาที่ตามฆ่านินจาถอนตัว โดยเมื่อเจอตัวจะฆ่าทิ้งและทำลายศพทันตรงนั้นทันที เช่น ฮาคุ (เมื่อก่อน แต่ตอนนี้ถอนตัวไปแล้ว)
หน่วยลับนินจาหน่วยลับนินจา(暗部 อันบุ) หน่วยนินจาที่จัดตั้งขึ้นมาสำหรับปฏิบัติการพิเศษ ระดับ S ซึ่งปฏิบัติตามคำสั่งของโฮคาเงะและจะคอยตามล่าผู้ที่มีชื่ออยู่ในบัญชีดำโดยเฉพาะโอโรจิมารุ เช่น คาคาชิ ริน(ปัจจุบันไม่เป็นแล้ว)
ANBU หรือ หน่วยลับนินจา นั้นมาจากชื่อภาษาญี่ปุ่นเต็มๆ ว่า Ansatsu Senjutsu Tokushu Butaiที่หมายถึง " หน่วยกำลังรบพิเศษ ล่าสังหาร " ( ชื่อออกจะเว่อร์ไปสักหน่อย...แต่จะว่าไปหน่วย ANBU นี้ก็คล้ายๆ กับหน่วย SWAT ของต่างประเทศ) นินจาในหน่วย ANBU จะสวมหน้ากากรูปสัตว์ชนิดต่างๆ , สวมเกราะที่แขน และมีรอยสักแสดงถึงการเป็นนินจาหน่วยลับที่ต้นแขนทุกคน
นินจาจากหน่วยลับนี้มีหน้าที่ปกป้องคุ้มครองหมู่บ้าน และรับภารกิจพิเศษต่างๆ ที่มีความเสี่ยงอันตรายสูง รวมถึงหน้าที่ลอบสังหารศัตรู ดังนั้น นินจาหน่วยลับจึงต้องมีฝีมือชั้นสูงเข้าขั้นระดับ S ( Extremely Strong ninja ) ซึ่งหน่วยลับนินจานี้จะขึ้นตรงกับ " Kage " แต่ละแคว้น( ก็คือ หน่วยลับนินจาของหมู่บ้านโคโนฮะ แห่งแค้วนฮิโนะคุนิ ก็จะขึ้นตรงต่อ Hokage)
ในเรื่อง Naruto นั้น นินจาจากหน่วยลับจะพกดาบคาตานะ ( Katana ) เป็นดาบสไตล์ญี่ปุ่น โดยจะพกไว้ที่ด้านหลังของแต่ละคน และก็จะแบ่งเป็นหน่วยย่อย นั่นคือ มีหัวหน้าหน่วยย่อย 1 คน และสมาชิกใหม่ 3 คน รวมเป็น 4 คน..เหมือนๆกับกลุ่มของพวกนารูโตะละครับ ในบางครั้งสมาชิกในกลุ่มก็อาจจะมีนินจาระดับจูนิน ( Chunin ) อยู่ในกลุ่มด้วยแต่ก็ขึ้นกับลักษณะของภารกิจ แต่ที่แน่ๆ ก็คือ นินจาที่จะเป็นหัวหน้าหน่วยย่อยนั้นจะต้องเป็นระดับโจนินฝีมือเยี่ยมเท่านั้น...
นินจาหน่วยลับ ANBU ของโคโนฮะ ที่เด่นๆ ก็เช่น Kakashi , Yamato , Morino Ibiki ( ซึ่งเป็นครูประจำห้องสอบจูนิน ด่านแรกนั่นเอง) ...ครูอิบิคิ ที่หน้าบากและมีแผลเต็มตัว ..และมีน้องชายชื่อ Idate (ที่เริ่มออกโรงใน Naruto Animation ตอนที่ 102) ส่วนหมู่บ้านอื่นก็มี นินจาหน่วยลับ ครับ ที่พอจคุ้นหน้ากันหน่อย ก็คือ ซาบุสะ ( Zabuza ) ซึ่งเคยเป็นนินจา หมู่บ้านคิริงาคุเระ ( ออกโรงมาตั้งแต่ Naruto ภาค 1 ช่วงแรกๆ พร้อมกับ " ฮาคุ ")
นอกจากนี้ นินจา ANBU ก็จะมี " Bingo Book " ซึ่งจะมีรายชื่อและรูปของนินจาที่แต่ละแคว้นหมายหัว..(ใน Naruto ภาค Shippuden นั้น " ซาสึเกะ " ก็ ถูกจัดเข้าอยุ่ใน Bingo Book เพราะถือว่าเป็นบุคคลที่อาจเป็นอันตรายต่อหมู่บ้าน)
หน่วยรากเป็นหน่วยที่ลึกลับยิ่งกว่าหน่วยลับ ไร้ชื่อ ไร้เสียง ไร้กลิ่น ไร้ตัวตน ไร้ความรู้สึก ไร้พี่น้อง มีเพียงภารกิจเท่านั้นที่สำคัญที่สุดส่วนใหญ่เป็นพวกเด็กที่เก็บมาฝึกทำลายความรู้สึกโดยให้ฆ่าคนที่รักหรือผูกพัน ใช้ปฏิบัติภารกิจลับสุดยอด เช่น ซาอิ มีหัวหน้าคือ ดันโซ โดยซาอิได้ไปร่วมทีมกับนารุโตะและซากุระ
นินจาแพทย์นินจาแพทย์ (医療忍者, いりょうにんじゃ, อิเรียวนินจา) มีหน้าที่รักษาอาการบาดเจ็บของนินจาคนอื่น ๆ ในทีม มีความรู้ในการปรุงยาแก้พิษ เช่น ซึนาเดะ ซากุระ โดยมีความสามารถในการหลบหนีสูงเพื่อใช้โอกาศในการรักษาให้กับตัวเองหรือคนที่บาดเจ็บในทีม โดยจะมีวิชาเฉพาะทางของนินจาแพทย์เอง เช่น ซึนาเดะ จะมีหมัดทลายภูผาและวิชาสูบชีวิตในรักษาบาดแผลตัวเองอย่างรวดเร็ว เป็นต้น